Svaka čakra, kao suptilna materija, na fizičkom planu predstavlja se kao jedna endokrina žlezda, baš kao što se ‘nadis’ materijalizuje kao nervni sistem. Neki smatraju da fizička nervna vlakna i endokrine žlezde ne traba mešati sa čakrama. Ali, nije ispravno ni razdvojiti endokrini sistem od čakri pošto se one jednostavno nadovezuju i upravljaju tim sistemom. Ne može se tvrditi da je suptilna anatomija direktno povezana sa fizičkom, jer bi to dovelo do iskrivljenja predstave o čoveku. Postoje izvesne razlike o tome gde se čakre nalaze, sa izuzetkom čakre krune i čela. Umesto iznad prednjeg dela tela (zapadnjačka koncepcija) preostalih pet čakri smeštene su 2.5 cm iznad leđne površine fizičkog tela duž kičmenog stuba.
To se desilo tako što su astralni fizičari, kroz iluziju da ih jasno ‘vide’, čakre predstavljali ispred torzoa umesto duž evolutivne staze kičmenog stuba. Takođe, čakra slezine, mada od životne važnosti, ne računa se kao jedna od glavnih. Raniji autori, pošto su je uključili, našli su za shodno da izostave neku drugu čakru u nameri da održe broj sedam.
Pomenuli smo da postoji 21 manja čakra. Ovim centrima kod prosečne i naprednije osobe, upravljaju dejstva glavnih čakri i na njih deluju preko najbližeg centra snage. U slučajevima neaktivnosti glavne čakre možda bi bilo potrebno da se deluje direktno preko manjih. One treba da se nalaze na sledećim mestima: jedna ispred svakog uha, jedna ispred svake bradavice na grudima, jedna tamo gde se sreću ključne kosti, jedna na dlanu svake ruke, jedna na tabanu svakog stopala, jedna baš iza svakog oka,jedna za svaku gonadu (polnu žlezdu), jedna blizu jetre, dve iznad povezane sa slezinom, jedna iza svakog kolena, jedna blizu štitne žlezde i jedna blizu trbuha.